7 Şubat 2006 tarihinde tedavi gördüğü İstanbul Çapa Hastanesinde hayatını kaybeden Şavşat Belediye Başkanı Adil Aydın'ın koltuğuna Mehmet Naci Köroğlu seçildi. 5393 sayılı Belediye Kanununa göre yapılan seçimlere 9 Belediye meclis üyesi katıldı. Artvin Valisi Cengiz Aydogdu Şavşat Belediyesine bir yazı göndererek 10 gün içinde yeni Belediye başkanının seçilmesini istemişti. Sürenin dolacağı son gün yapılan seçimlerde 3 meclis üyesi başkanlık için aday oldu. CHP'den Mehmet Naci Köroğlu ve Zatinur Uzun ile AKP'den Yusuf Çelik adaylıklarını koydu. Yapılan gizli oylamanın ilk turunda Mehmet Naci Köroğlu salt çoğunluğu da aşarak 6 oyla Şavşat'ın yeni Belediye Başkanı seçildi. Diğer adaylardan Zatinur Uzun 1 oy ve Yusuf Çelik de 2 oy aldılar.

Şavşat'ın yeni belediye başkanı Mehmet Naci Köroğlu yaptığı ilk teşekkür konuşmasında bütün meclis üyesi arkadaşlarına kendisine duydukları güven için teşekkür ederek, "Bu bir bayrak nöbetidir. Rahmetli başkanımızı huzurunuzda saygı ile anıyorum. Biz bugün burada bulunuyor isek Şavşat için varız. Çalışmalarımıza programımız dahilinde kaldığı yerden devam edeceğiz. Tekrar teşekkür ediyorum" dedi.